Josef Wagner ging voll und ganz in seinem 1947 gegründeten Unternehmen auf und erreichte es, WAGNER als eine auf Oberflächentechnik spezialisierte Unternehmensgruppe von weltweiter Ausstrahlung zu entwickeln und zu etablieren. Er führte er ein erfolgreiches, wachsendes Unternehmen auf Expansionskurs, war aber Anfang der 1970er Jahre selbst bereits über 60 Jahre alt und ohne eigene Nachkommen.
1971 begannen Josef Wagner und seine Ehefrau, sich Gedanken über ihren Nachlass zu machen. Es sollte das Unternehmen, das Lebenswerk von Josef Wagner, in seinem Fortbestand und seiner Gesamtheit gesichert werden. Darüber hinaus wollte das kinderlose Ehepaar etwas an die Gesellschaft zurückgeben. Das Ergebnis war ein Testament, welches verfügte, dass das gesamte Vermögen mit dem Ableben der Eheleute auf zwei gemeinnützige Stiftungen übergeht. Mit eingeschlossen sind die Eigentumsrechte am Unternehmen WAGNER.
Damit wurde final 1972 der Grundstein für die Josef-Wagner-Stiftung Friedrichshafen und die JOSEF WAGNER-STIFTUNG Altstätten in der Schweiz gelegt. 
Die deutsche Stiftung wurde am 18. August 1972 beurkundet. Die schweizerische Stiftung erlangte ihre Rechtswirksamkeit 1975. Bereits zu Lebzeiten übertrug Josef Wagner Firmenanteile auf die Stiftungen, um seine Entschlossenheit zu dokumentieren.
In der Satzung der Josef-Wagner-Stiftung, Friedrichshafen, ist in §2 als Ziel festgelegt: „Die Stiftung verfolgt ausschließlich und unmittelbar gemeinnützige und mildtätige Zwecke.“ Im Einzelnen aufgeführt sind
- Förderung von Wissenschaft und Forschung,
- Förderung der Jugend- und Altenhilfe sowie
- Förderung der Erziehung, Volks- und Berufsbildung einschließlich der Studentenhilfe.
In der Umsetzung dieser Ziele ist die Josef-Wagner-Stiftung seitdem unermüdlich tätig und hat sich zu einem wertvollen und sehr geschätzten Partner der Sozialbehörden und Hilfsorganisationen erwiesen. „Der Anspruch unserer Stiftungen ist, dort zu helfen, wo das Sozialsystem und der Staat an seine Grenzen kommen oder es durch Regeln und Bürokratie schwierig wird“, erläutert Hubert Riek, Vorsitzender des Stiftungsvorstands der Josef-Wagner-Stiftung Friedrichshafen und Vizepräsident der schweizerischen Stiftung. „Immer mit dem Ziel, dass Menschen in Not wieder einen Weg zurück finden ins normale Leben.“
Seit vielen Jahren arbeitet die Josef-Wagner-Stiftung, Friedrichshafen, mit mehr als 15 Sozialleistungsträgern im Bodenseekreis zusammen und leistet unbürokratische Hilfe auf Augenhöhe. Dies geschieht in Form von
Einzelförderungen für bedürfte Personen und Familien wie etwa von Alleinerziehenden in Not, aber auch als regelmäßige Unterstützung wie für die Kinderstiftung Bodensee und die Wissenswerkstatt in Friedrichshafen. Mit der anteiligen Finanzierung von 60 „Deutschlandstipendien“ an sieben Hochschulen und Universitäten in Baden-Württemberg betreibt die Stiftung Nachwuchsförderung ganz im Sinne Josef Wagners. Allein in den vergangenen zehn Jahren sind so rund sieben Millionen Euro zur Unterstützung von hilfsbedürftigen Menschen und für Stipendien bereitgestellt worden.
